SMA Negeri 2 Jayapura telah melakukan ujian PAT (Penilaian Akhir Tahun) Tahun Pelajaran 2019/2020 selama 5 hari pada tanggal 26 Mei s/d 30 Mei 2020 secara Daring. Pelaksanaan PAT ini diikuti oleh seluruh Peserta Didik kelas X dan XI dari rumah masing-masing. Hal ini dikarenakan adanya dampak dari pandemi Covid 19 maka SMA Negeri 2 Jayapura yang telah di lengkapi dengan sarana pendukung IT yang sangat menunjang dalam melakukan ujian secara Daring. Selain itu pelaksanaan PAT ini dapat dilaksanakan dengan karena adanya dukungan dari para orang tua Peserta Didik serta adanya dukungan dari pihak sekolah dengan memberikan paket pulsa data gratis sebesar 6 GB kepada masing-masing Peserta Didik, seluruh tenaga pendidik dan tenaga kependidikan (TU) di lingkungan SMA Negeri 2 Jayapura.