SMA Negeri 2 kota Jayapura yang berdiri pada tanggal 19 Desember 1982 yang beralamat di Jl.Serui,no 16 Dok IX atas Jayapura Utara merupakan sekolah menengah yang terbilang sudah cukup tua didalam proses perjalanannya. Dan menurut catatan sejarah sekolah ini, terbilang sekolah yang cukup luar biasa menghasilkan sumber daya anak-anak Indonesia yang berdomisili di Kota Jayapura dan kota-kota lain di papua. Dalam perjalanan sekolah ini sejak berdiri telah dipimpin oleh kurang lebih 9 orang kepala sekolah dan telah menghasilkan puluhan ribu siswa siswi dari berbagai suku, ras dan agama yang sekarang telah mengabdi diseluruh tanah papua di berbagai instansi Pemerintah, swasta, Sipil maupun militer.
Untuk tahun pelajaran 2021/2022 jumlah seluruh siswa yang tersebar dalam berbagai tingkatan kelas berjumlah 1179 orang dengan jumlah laki-laki sebanyak 575 orang dan perempuan sebanyak 604 orang. Tenaga pendidik yang ada pada SMA Negeri 2 Jayapura berjumlah 65 orang dan tenaga kependidikan berjumlah 16 orang. Dari keragaman inilah muncul tekat bersama sebagai sebuah keluarga besar untuk satu hati dan satu tujuan untuk menghasilkan SDM yang semakin Handal dimasa depan.
SMA Negeri 2 Kota Jayapura menjadi sebuah kebanggaan masyarakat ditanah papua karena telah merobah pola pikir orang – orang yang berdomisili di Papua teristimewa di kota Jayapura dan dan Kota-kota lain diwilayah Papua. Selain anak-anak Papua dan suku-suku lain yang berdomisili di Jayapura, sekolah SMA Negeri 2 juga telah mendidik anak-anak Negara tetangga Papua New yang ingin bersekolah di Kota Jayapura
Dalam perjalanan panjang selama 39 tahun sekolah ini,pasti banyak persoalan yang dialami, tetapi dengan ketekunan dan semangat serta panggilan mulia yang diembangkan oleh negara bagi para pendidik dan pemerhati pendidikan, maka perlahan namun pasti sekolah ini telah banyak mengalami perubahan baik SDM mapun fasilitas pendukung pembelajaran. Namun karena tantangan zaman, tekat kami akan terus membenahi berbagai kekurangan – kekuarangan demi mensejajarkan anak-anak di papua dengan daerah-daerah lain di Indonesia.Semoga tujuan mulia yang kami impikan bagi kemajuan Negeri ini dapat terwujud lewat perjuangan dan kerja keras. Sebab yang ada pada jiwa dan Raga kami bagi Negeri ini terus dan akan terus mengabdikan diri kami pada lembaga pendidikan ini, untuk menghasilkan sumber daya anak Indonesia yang handal dan siap bersaing dengan bangsa lain. Semoga …

Pendidikan adalah modal utama bagi suatu bangsa dalam upaya meningkatkan kualitas sumber daya manusia yang dimilikinya. Sumber daya manusia yang berkualitas merupakan dambaan setiap insan pendidikan karena akan mampu mengelola sumber daya alam. Peningkatan kualitas sumber daya manusia pada dasarnya bermula dari suatu lembaga pendidikan yang disebut sekolah termasuk SMA Negeri 2 Jayapura..
Terwujudnya warga sekolah yang berkualitas dalam iman dan moral, cerdas, inovatif, kreatif dan cinta lingkungan serta mampu beradaptasi dengan perkembangan IPTEK.
- Meningkatkan mutu pendidikan yang mengarah pada kecakapan hidup yang seimbang dengan aspek ahklak, intelektual dan ketrampilan
- Meningkatkan mutu pendidikan yang sesuai dengan tuntutan masyarakat dan perkembangan IPTEK
- Menyelenggarakan program pendidikan yang senantiasa berakar pada sistem nilai, adat istiadat, agama dan budaya masyarakat dengan tetap mengikuti perkembangan dunia luar
- Mewujudkan sekolah sebagai sarana membentuk SDM yang bersih dalam berpikir, bersikap dan berbuat demi diri dan sesama hidup yang lain
- Melaksanakan pembelajaran dan bimbingan secara efektf, sehingga setiap siswa berkembang menurut kemampuan dan potensi diri secara optimal
Mengacu pada Visi dan Misi sekolah, maka Tujuan SMA Negeri 2 Jayapura adalah :
- Menghasilkan lulusan yang berakhlak mulia dan berbudi pekerti luhur, berdisiplin tinggi, beriman, trampil, berolah ilmu pengetahuan, berolah seni serta trampil berkomunikasi dengan sarana teknologi informasi dan Bahasa asing;
- Melaksanakan proses belajar mengajar secara Aktif, Komunikatif, Kreatif, Inovatif, Kolaboratif, Berpikir Kritis dan menyenangkan berdasarkan keunggulan Lokal dan Global;
- Memiliki peserta didik dengan potensi yang handal dan dapat bersaing dengan sekolah lain baik secara akademik dan non akademik;
- Mengupayakan terwujudnya budaya belajar, gemar membaca dan menulis melalui program Literasi dalam rangka mendukung tercapainya Visi Misi Sekolah;
- Melaksanakan Kurikulum 2013 berbasis SKS dengan Pola Unit Kegiatan Belajar (UKB) dengan menerapkan pembelajaran saintifik dan penilaian autentik yang mencakup domain sikap, pengetahuan dan keterampilan;
- Mengembangkan dan Menguatkan Pendidikan karakter bagi peserta didik sebagai amalan dari berbagai kegiatan sosial didalam dan diluar lingkungan sekolah;
- Meningkatkan partisipasi dan kerjasama masyarakat dalam peningkatan keamanan, ketertiban, dan kebersihan dan kewirausaahan dilingkungan sekolah;
- Meningkatkan Profesionalitas Pendidik dan Tenaga Kependidikan melalui kegiatan MGMP, BIMTEK, IHT, dan WORKSHOP pengembangan profesi;
- Menjadi sekolah yang aman, nyaman, asri dan kondusif untuk proses pembelajaran dengan membudayakan 9K (Keamanan, Kebersihan, Ketertiban, Keindahan, Kekeluargaan, Kerindangan, Kesehatan, Keterbukaan, Keteladanan).
- Menjadi Sekolah Hijau, Bersih dan Sehat serta dapat mengurangi pencemaran lingkungan dan dapat memanfaatkan sisa sampah lewat program daur ulang.